L’histoire débute après la fin du 24ème épisode de la série. Shinji, traumatisé par la mort de Kaworu, refuse de continuer à piloter son Eva. Au même moment, Misato découvre ce qui a provoqué le Second Impact il y a 15 ans mais aussi la vraie nature du plan de complémentarité de l'Homme. Cependant, la SEELE est bien décidée à se débarrasser de la NERV maintenant que tous les Anges ont été éliminés et envoie donc de nouveaux EVA pour accomplir cette tâche. Asuka, qui est sortie du coma, va tenter de les combattre tandis que Gendo se prépare à lancer le Third Impact.  

‘’The End of Evangelion est un film divisé en deux parties (Episode 25': Love is Destructive et Episode 26': ONE MORE FINAL: I need you) proposant une version des épisodes 25 et 26 de Neon Genesis Evangelion, épisodes finaux de la série qui ont suscité de nombreuses réactions de mécontentement chez les fans. En effet, ce long métrage apporte une conclusion réaliste et pragmatique, contrairement à la série animée de 1996 qui n'a pu apporter qu'une fin philosophique. Conséquence du contexte télévisuel des années 1990, le film est donc chapitré en deux parties : la première, centré sur la Nerv, l'homme, et les anges ; et la seconde partie, centrée sur Shinji Ikari et le plan de complémentarité. En réalité, The End of Evangelion est la véritable fin que Hideaki Anno avait prévu pour la série. Jugée cependant trop extrême par TV Tokyo, chaîne sur laquelle était diffusée Neon Genesis Evangelion, Hideaki Anno fut dans l'obligation de créer une nouvelle fin.’’ 

- CineFestival.fr

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This final movie version was created as an alternative ending to the NEON GENESIS EVANGELION TV series, remaking the final two episodes from the series. SEELE plans an attack on NERV after failing to create a man-made Third Impact. After reaffirming both her own and her mother’s existence in a state of despair, Asuka returns and begins the counterattack. However, new enemies descend from the heavens. Meanwhile, Shinji witnesses the horrifying wreckage of Asuka’s EVA-02 while piloting EVA-01. Mass production models surround EVA-01 and perform a solemn ceremony. What does it mean to complete a human heart?

‘’The End of Evangelion is reputed as a depressing and fatalistic film – but it’s far from it. Its emotional breakthrough is given vivid, thrilling form, told with more optimism than is often credited, even as the imagery becomes more and more hellish and macabre. It’s also simply incredible to look at, with bold splashes of colour in every frame, with nuanced movements from the humans and humanoid robots alike, with weight and detail in both its action and its quieter moments of drama.’’

- Little White Lies